К примеру, компанией D.E. Shaw Research были созданы, революционные ускорители, которые применяются в суперкомпьютерах Anton. Существуют и другие пути решения проблемы, а именно внедрение графических ускорителей или многоядерных процессоров.
Стоит отметить, что в настоящее время активно ведутся работы по созданию процессора, который будет применяться исключительно для проведения расчетов молекулярной динамики. В основу нового специализированного процессора ляжет принцип MapReduce. Разработку процессора осуществляет группа учёных из Политехнического университета Бухареста (Румыния) и Колледжа Святого Ансельма (США). Современные ускорители позволяют решать лишь три четверти необходимых задач с пакетом GROMACS, однако ученые смогли создать новый ускоритель, который позволяет решать оставшиеся 25% задач. При тестировании прототипа специализированного процессора ученым удалось добиться 64-процентной эффективности распараллеливания при расчёте повторяющихся клеточных структур.
По своим параметрам архитектура нового ускорителя схожа с процессорами Anton, которые в свою очередь представляют собой специализированные ASIC, которые в три раза более эффективны, чем ПЛИС-версия нового ускорителя. В случае успеха, созданный специализированный чип с тактовой частотой 2.7 ГГЦ, будет более производительным и при этом будет расходовать значительно меньше энергии. Даже сейчас новинка по уровню удельной производительности занимает лидирующую позицию, при этом финальная версия ускорителя будет в 300 раз более производительной.